| Datum | Paarung | Ergebnis | Bilder |
| 31.07.2016 | 1. FC Magdeburg - Fortuna Köln | 0:3 | - |
| 01.09.2016 | FSV Zwickau - 1. FC Magdeburg | 1:1 | - |
| 09.08.2016 | 1. FC Magdeburg - SC Paderborn 07 | 3:0 | klick |
| 13.08.2016 | VfL Osnabrück - 1. FC Magdeburg | 3:2 | - |
| 26.08.2016 | 1. FC Magdeburg - MSV Duisburg | 1:2 | klick |
| 10.09.2016 | FSV Mainz 05 II - 1. FC Magdeburg | 1:0 | - |
| 17.09.2016 | Preußen Münster - 1. FC Magdeburg | 2:3 | - |
| 21.09.2016 | 1. FC Magdeburg - Werder Bremen II | 2:0 | klick |
| 25.09.2016 | Wehen Wiesbaden - 1. FC Magdeburg | 0:3 | - |
| 02.10.2016 | 1. FC Magdeburg - Holstein Kiel | 1:0 | klick |
| 16.10.2016 | Rot-Weiß Erfurt - 1. FC Magdeburg | 1:0 | - |
| 22.10.2016 | 1. FC Magdeburg - Chemnitzer FC | 2:4 | klick |
| 30.10.2016 | Jahn Regensburg - 1. FC Magdeburg | 1:1 | - |
| 06.11.2016 | 1. FC Magdeburg - Hansa Rostock | 1:1 | klick |
| 20.11.2016 | Sonnenhof Großaspach - 1. FC Magdeburg | 1:3 | - |
| 26.11.2016 | 1. FC Magdeburg - Hallescher FC | 1:0 | klick |
| 04.12.2016 | FSV Frankfurt - 1. FC Magdeburg | 0:1 | - |
| 11.12.2016 | 1. FC Magdeburg - VfR Aalen | 3:0 | - |
| 17.12.2016 | Sportfreunde Lotte - 1. FC Magdeburg | 1:3 | - |
| 28.01.2017 | Fortuna Köln - 1. FC Magdeburg | 2:1 | - |
| 05.02.2017 | 1. FC Magdeburg - FSV Zwickau | 1:1 | klick |
| 12.02.2017 | SC Paderborn 07 - 1. FC Magdeburg | 1:1 | - |
| 18.02.2017 | 1. FC Magdeburg - VfL Osnabrück | 3:0 | klick |
| 24.02.2017 | MSV Duisburg - 1. FC Magdeburg | 0:0 | - |
| 04.03.2017 | 1. FC Magdeburg - FSV Mainz 05 II | 1:2 | klick |
| 10.03.2017 | 1. FC Magdeburg - Preußen Münster | 1:0 | klick |
| 15.03.2017 | Werder Bremen II - 1. FC Magdeburg | 0:1 | - |
| 19.03.2017 | 1. FC Magdeburg - Wehen Wiesbaden | 0:0 | klick |
| 25.03.2017 | Holstein Kiel - 1. FC Magdeburg | 1:1 | - |
| 01.04.2017 | 1. FC Magdeburg - Rot-Weiß Erfurt | 2:0 | klick |
| 04.04.2017 | Chemnitzer FC - 1. FC Magdeburg | 1:1 | - |
| 09.04.2017 | 1. FC Magdeburg - Jahn Regensburg | 1:2 | klick |
| 15.04.2017 | Hansa Rostock - 1. FC Magdeburg | 1:1 | - |
| 23.04.2017 | 1. FC Magdeburg - Sonnenhof Großaspach | 2:1 | klick |
| 30.04.2017 | Hallescher FC - 1. FC Magdeburg | 1:1 | - |
| 07.05.2017 | 1. FC Magdeburg - FSV Frankfurt | 1:1 | klick |
| 13.05.2017 | VfR Aalen - 1. FC Magdeburg | 2:2 | - |
| 20.05.2017 | 1. FC Magdeburg - Sportfreunde Lotte | 2:0 | klick |
